Ziele ruty znosi skurcze mięśni gładkich jelit, dróg żółciowych, dróg moczowych i mięśniówki naczyń. Dzięki temu przepływ żółci do przewodu pokarmowego jest łatwiejszy, a zatem lepsze jest przyswajanie pokarmów.
Rozkurczające działanie na mięśniówkę naczyń może objawiać się obniżeniem ciśnienia tętniczego krwi oraz poprawą ukrwienia narządów umieszczonych obwodowe. Substancje zawarte w rucie uszczelniają ściany naczyń włosowatych, stają się one bardziej elastyczne, mniej podatne na pękanie.
Medycyna ludowa poleca rutę jako lek na apetyt i dolegliwości żołądkowe. Wyciąg z ruty ma właściwości uspokajające. Można dodawać liście ruty do potraw, np. podobnie jak szczypiorek do jajecznicy. Wodne maceraty są polecane w przypadkach zapaleń powiek i spojówek.
Stosowany zewnętrznie wyciąg z ruty na okłady i do przemywania ran, przyspiesza oczyszczanie i gojenie się ran.
Dzięki zawartości furanokumaryn, które mają właściwości uwrażliwiania na działanie promieniowania nadfioletowego, zioło to może być wykorzystane do leczenia bielactwa i łuszczycy.